Aus zwei Rechnungen des Brunnenmeisters Stephan Zawescher aus dem Jahre 1545 geht hervor, dass am Hauptplatz ursprünglich zwei Holzbrunnen standen. Vermutlich zu Beginn des 17. Jahrhunderts erhielt der Brunnen das bis heute erhaltene oktogonale Becken. Der Bildhauer Johann Babtist Spatz arbeitete von 1686 bis 1690 an den beiden Hauptplatzbrunnen. Er schuf auch die namensgebende, heute verschollene Neptunstatue, die eine geharnischte Reiterfigur ersetzte, die auf einem Stich von Clemens Beuttler von 1645 zu erkennen ist. Im Jahr 1872 wurden beide Hauptplatzbrunnen abgetragen. Der Neptunbrunnen wurde vor dem Landesgericht Fadingerstraße aufgestellt. Der auf dem nördlichen Teil des Hauptplatzes befindliche Jupiterbrunnen wurde nicht mehr aufgestellt.
Im Zuge der Neugestaltung des Hauptplatzes (Fußgängerzone) wurde der Neptunbrunnen 1979 an seinen urspünglichen Platz zurückgebracht und von Bildhauer Josef Huber die leeren Kartuschen an den Seitenwänden mit den Wappen der sieben landesfürstlichen Städte (Linz, Steyr, Wels, Gmunden, Vöcklabruck, Freistadt und Enns) versehen. [www.linz.at]